개인사업자, 법인으로 바꿀 때 세금은 어떻게 되나요

현물출자에 의한 법인전환, 절차부터 사후관리까지

본 칼럼은 조세특례제한법 제32조, 지방세특례제한법 제57조의2 및 관련 예규·판례를 바탕으로 작성되었습니다. 개별 사안에 대한 구체적인 세무 판단은 반드시 전문가와 상담하시기 바랍니다.

들어가며

개인사업자를 오래 운영하다 보면 법인 전환을 고민하게 되는 시점이 옵니다. 세금 부담, 대외 신뢰도, 투자 유치 가능성 등 여러 이유가 있지만, 막상 전환하려고 하면 가장 먼저 떠오르는 걱정이 있습니다.

"건물이나 토지를 법인에 넘기면 양도소득세를 내야 하는 거 아닌가요?"

결론부터 말씀드리면, 일정 요건을 충족하면 양도소득세를 지금 내지 않아도 됩니다. 이것이 바로 조세특례제한법 제32조가 규정하는 법인전환 이월과세 제도입니다. 오늘은 이 제도를 중심으로 현물출자에 의한 법인전환의 전체 그림을 설명해 드리겠습니다.

1. 법인전환이란 무엇인가, 현물출자란 무엇인가

법인전환은 개인사업자가 법인으로 전환하는 것을 말합니다. 전환 방법은 크게 두 가지입니다. 하나는 현물출자, 다른 하나는 사업양수도 방식입니다.

현물출자란 돈이 아닌 재산으로 출자하는 것을 말합니다. 상법상 주식회사의 자본금은 원칙적으로 현금으로 납입하지만, 예외적으로 토지, 건물, 기계장치 같은 실물 자산으로 출자하는 것이 허용됩니다. 개인사업자가 자신의 사업용 부동산이나 설비를 새로 설립하는 법인에 그대로 넘기는 방식이 바로 현물출자에 의한 법인전환입니다.

정부는 개인사업자의 법인전환을 유도하기 위해 일정 요건을 충족할 경우 양도소득세와 취득세 등을 감면 또는 이월하는 제도를 운영하고 있습니다.

[근거: 조세특례제한법 제32조 / 지방세특례제한법 제57조의2]

2. 세금 혜택을 받으려면 어떤 요건을 갖춰야 하나요

대상 사업자

거주자(내국인 개인)여야 하며, 사업용 고정자산을 현물출자하거나 일정 요건을 충족하는 사업양수도 방법으로 법인을 설립해야 합니다.

제외 업종

아래 업종은 세제 혜택을 받을 수 없습니다.

• 호텔업 및 여관업 (관광진흥법에 따른 관광숙박업은 제외)
• 주점업 (일반유흥주점업, 무도유흥주점업, 단란주점 영업)
• 그 밖에 오락·유흥 등을 목적으로 하는 사업

[근거: 조세특례제한법 시행령 제29조 제3항]

대상 자산

사업용 고정자산이란 해당 사업에 직접 사용하는 유형자산과 무형자산을 말합니다. 사업에 직접 사용하지 않는 토지, 건설 중인 자산, 재고자산을 현물출자하는 경우에는 이월과세가 적용되지 않습니다.

[근거: 조세특례제한법 집행기준 32-29-1]

가장 중요한 요건: 자본금이 순자산가액 이상이어야 합니다

이 부분이 실무에서 가장 많이 문제가 됩니다. 새로 설립되는 법인의 자본금이 전환하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 합니다.

순자산가액은 다음과 같이 계산합니다.

법인전환일 현재 시가로 평가한 자산 합계액 − 충당금을 포함한 부채 합계액 = 순자산가액

자산이 과소하게 평가되거나 부채가 과다하게 잡히면 자본금이 순자산가액에 미달할 수 있습니다. 이 경우 이월과세 혜택이 전부 박탈되고 양도소득세가 추징됩니다.

실무상 자본금을 순자산가액보다 다소 높게 설정하는 것이 안전합니다. 현금을 추가로 출자해서라도 자본금을 순자산가액보다 여유 있게 맞춰두는 것이 세무 리스크를 줄이는 방법입니다.

단, 다른 주주가 출자한 금액은 이 자본금에 포함되지 않습니다. 개인사업자 본인이 직접 출자한 금액만 인정됩니다.

[근거: 조세특례제한법 시행령 제29조 제5항 / 조세특례제한법 집행기준 32-29-2 / 지방세운영과-344, 2010.01.26.]

사업장 전체를 전환해야 합니다

동일 사업장 중 일부만 법인으로 전환하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 없습니다. 또한 공동사업을 영위하던 사람 중 1인이 자기 지분만 현물출자하는 경우에도 이월과세가 적용되지 않습니다.

[근거: 부동산납세과-247, 2014.04.14. / 조세특례제한법 집행기준 32-29-3]

3. 자산은 어떻게 평가하나요

시가가 원칙입니다

현물출자 시 자산의 가치를 실제보다 부풀리면 법인 자본의 부실로 이어질 수 있습니다. 따라서 시가로 평가하는 것이 원칙입니다.

시가 적용 순서는 다음과 같습니다.

(1) 해당 거래와 유사한 상황에서 불특정 다수인과 거래된 가격이 있으면 그 가격을 씁니다.

(2) 시가가 불분명하면 감정평가법인이 감정한 가액을 씁니다.

(3) 감정가액도 없으면 상속세 및 증여세법 제61조~제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 씁니다.

(4) 이마저도 없으면 기준시가를 씁니다.

[근거: 법인세법 시행령 제89조 / 조세특례제한법 시행규칙 제15조]

감정기관은 몇 곳이나 필요한가요

실무에서 자주 나오는 질문입니다. 법인세법 시행령 제89조에 따르면 감정한 가액이 2개 이상인 경우 그 평균액을 씁니다. 1개여도 가액 자체는 인정됩니다.

다만, 상속세 및 증여세법 제60조 제5항은 감정가격 결정 시 원칙적으로 2개 이상의 감정기관에 감정을 의뢰하도록 규정하고 있습니다. 기준시가 10억 원 이하의 부동산은 1개 이상의 감정기관으로도 가능합니다.

순자산가액 산정 시 어느 기준을 따르는지에 따라 결과가 달라질 수 있으므로, 실무에서는 감정기관 2곳을 이용하는 것이 더 안전합니다.

[근거: 법인세법 시행령 제89조 제2항 / 상속세 및 증여세법 제60조 제5항 / 부동산거래관리과-0965, 2011.11.15.]

감정 시점

법인전환기준일 현재 시점의 감정가액을 기준으로 합니다.

자산별 평가 방법 정리

재고자산의 경우, 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하며, 수용·공매가격 및 감정가액 등 상속세 및 증여세법 시행령 제49조에 따라 시가로 인정되는 것을 포함합니다.

고정자산의 경우, 현물출자일 현재 시가로 평가하며, 감정평가법인이 감정한 가액을 우선 적용합니다. 영업권은 순자산가액 계산 시 포함하지 않습니다.

부채의 경우, 개인기업이 사업용도로 차입한 부채를 승계합니다. 결산 시 미지급소득세를 계상한 경우 부채로 승계할 수 있으나, 계상하지 않은 경우 법인 자금으로 소득세를 부담할 수 없으므로 개인이 직접 납부해야 합니다.

[근거: 서면인터넷방문상담2팀-1713, 2006.09.08. / 조세특례제한법 기본통칙 32-29…2 / 조심 2017지0744, 2018.09.17.]

4. 세금 혜택의 내용은 무엇인가요

양도소득세 이월과세

토지, 건물 등 양도소득세 과세 대상 자산을 법인에 현물출자하면 원칙적으로 양도소득세를 납부해야 합니다. 하지만 일정 요건을 갖춘 경우 세금을 지금 내지 않고, 나중에 법인이 해당 자산을 처분할 때까지 미룰 수 있습니다. 이것이 이월과세입니다.

이월과세를 받으려면 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고 포함) 시, 새로 설립되는 법인과 함께 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출해야 합니다. 신청을 빠뜨리면 혜택을 받을 수 없습니다.

[근거: 조세특례제한법 제32조 제1항 / 조세특례제한법 시행령 제29조 제4항]

양도소득분 개인 지방소득세 이월과세

양도소득세가 이월과세되는 경우 지방소득세도 함께 이월과세됩니다. 양도소득세 이월과세 신청 시 개인지방소득세에 대한 이월과세도 함께 신청한 것으로 봅니다.

[근거: 지방세특례제한법 제120조]

취득세 감면

법인이 부동산이나 차량 등을 취득하면 취득세를 내야 하는 것이 원칙입니다. 하지만 조세특례제한법 제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 의해 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산에 대해서는 취득세의 50%를 경감합니다.

단, 부동산 임대 및 공급업은 이 감면에서 제외됩니다. 또한 취득일부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 재산 또는 주식을 처분하는 경우(임대 포함)에는 경감받은 취득세가 추징됩니다.

[근거: 지방세특례제한법 제57조의2 제4항 (2025.10.1. 직제개정 반영)]

개인기업의 세액공제·감면 승계

법인전환 후에도 개인사업자가 받고 있던 세액공제나 세액감면을 법인이 이어받을 수 있습니다. 창업중소기업 세액감면, 고용증대 세액공제, 이월세액공제 등이 대표적입니다. 다만 모든 경우에 승계가 되는 것은 아니므로 항목별로 요건을 확인해야 합니다.

[근거: 법인-0586, 2022.02.25. / 사전-2021-법령해석법인-0432, 2021.05.11. / 법인세과-712, 2012.11.22.]

5. 법인전환 절차는 어떻게 되나요

법인전환은 다음 순서로 진행됩니다.

(1) 발기인 구성 및 상호 결정입니다. 1인 이상의 발기인이 필요하며, 개인사업자 대표는 반드시 발기인에 포함되어야 합니다. 상호는 미리 관할 등기소에서 동일 상호 유무를 확인해야 합니다.

(2) 자산 감정 및 회계감사입니다. 유형고정자산은 감정평가법인에 의뢰하고, 나머지 자산과 부채는 공인회계사 감사를 받습니다.

(3) 현물출자가액 및 자본금 결정입니다. 앞서 설명한 순자산가액 이상으로 자본금을 설정해야 합니다.

(4) 정관 작성 및 공증, 법인 설립등기입니다. 이 부분은 통상 법무사사무소에서 처리합니다.

(5) 사업자등록입니다. 법인전환기준일까지 법인 사업자등록증을 발급받아야 합니다. 현물출자에 의한 법인전환의 경우 법인 설립등기 전에 사업자등록이 먼저 이루어집니다.

[근거: 부가가치세법 시행령 제11조]

(6) 개인기업 폐업신고 및 부가가치세 신고입니다. 폐업신고서에는 '현물출자에 의한 법인전환'이라는 문구를 기재하고 현물출자계약서를 첨부해야 합니다. 폐업일이 속하는 달의 다음 달 25일 이내에 부가가치세 확정신고를 해야 합니다.

(7) 부동산·차량 명의이전 등 후속 조치입니다. 취득세 감면 신청서를 반드시 지방자치단체에 제출해야 하고, 양도소득세 신고 시 이월과세적용신청서를 함께 제출해야 합니다.

6. 사후관리: 설립 후 5년 안에 이것만은 주의하세요

이월과세 혜택을 받았다고 해서 끝이 아닙니다. 법인 설립등기일부터 5년 이내에 아래 두 가지 상황이 발생하면 이월된 양도소득세가 추징됩니다.

(1) 전환한 법인이 승계받은 사업을 폐지하는 경우입니다. 현물출자로 취득한 사업용 고정자산의 절반 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않으면 사업 폐지로 봅니다.

(2) 이월과세를 적용받은 개인이 법인전환으로 취득한 주식의 50% 이상을 처분하는 경우입니다. 유상이전뿐 아니라 무상이전, 유상·무상감자도 처분에 포함됩니다.

단, 아래에 해당하는 경우에는 추징하지 않습니다.

• 전환법인이 파산하여 자산을 처분한 경우
• 적격합병·적격분할 등 세법상 인정되는 방법으로 자산을 처분한 경우
• 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 자산을 처분한 경우
• 개인이 사망하거나 파산하여 주식을 처분한 경우
• 가업 승계 목적으로 주식을 증여하고 수증자가 증여세 과세특례를 적용받은 경우

추징 사유가 발생하면 사유 발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 이월과세액을 양도소득세로 납부해야 합니다.

[근거: 조세특례제한법 제32조 제5항 / 조세특례제한법 집행기준 32-29-4·5·6]

7. 실무에서 자주 발생하는 세무 리스크

자본금이 순자산가액에 미달한 경우

가장 흔한 문제입니다. 가설 건축물 등 자산을 비용으로 처리하여 장부에서 누락함으로써 순자산가액이 낮게 계산되거나, 반대로 부채를 과다 계상하는 경우 자본금이 순자산가액에 미달할 수 있습니다. 이 경우 이월과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 감면받은 취득세 등이 추징됩니다.

[참조: 조심2012지685, 2012.12.04.]

감정기관 1곳만 이용한 경우

감정가액 1개만으로 순자산가액을 평가한 경우, 과세당국이 이를 상속세 및 증여세법 제60조 제2항의 시가로 인정하지 않을 수 있습니다. 이 경우 부동산의 양도가액을 과소신고한 것으로 보아 이월과세 적용이 배제됩니다.

[참조: 조심-2015-부-4572, 2016.04.25.]

부채 승계 시 채권자 동의를 받지 않은 경우

법인이 개인의 부채를 승계할 때는 채권자의 동의가 있어야 효력이 생깁니다. 법인 설립등기일 기준으로 채권자의 승낙이 없었다면 해당 부채는 법인의 부채로 볼 수 없고, 이로 인해 이월과세 요건 미충족으로 양도소득세가 부과될 수 있습니다.

[참조: 조심 2023중8087, 2023.12.07.]

나가며

법인전환은 한 번 잘못 진행하면 수천만 원의 세금이 추징될 수 있는 작업입니다. 절차가 복잡하고 체크해야 할 요건이 많습니다. 핵심은 세 가지입니다.

자본금을 순자산가액 이상으로 설정해야 합니다. 이월과세적용신청서를 반드시 제출해야 합니다. 설립 후 5년 동안은 사업 폐지와 주식 처분에 주의해야 합니다.

법인전환은 끝이 아니라 시작입니다. 제대로 된 준비와 사후관리가 함께해야 세금 혜택을 온전히 누릴 수 있습니다.